使用python自己写一个命令行工具。然后放到环境变量里。老方便了。要是要，回复我就给你找找。

winmerge 免费软件，功能不逊收费软件beyond compare，一般人我不告诉他。

我试了下,如果安装了msysgit
可以跟Linux下一样使用diff命令进行文件夹的对比(仅列出文件名,不比较文件具体内容)
如果是对比文件,不能对比二进制文件,文本文件可以进行对比

图片说明
ls -R 命令递归列出当前文件夹下所有的文件夹和文件
diff c1 c2 比较文件夹中文件的不同
$ diff ./c1/hello.c ./c2/hi.c 比较文件不同
cat 命令打印出文件内容

Compare It 这个不错，值得拥有

一直在用Beyond Compare 3，一直感觉很不错

Beyond Compare 不错的吧。